Der Film schildert das Schicksal des Pfarrers Thomas Müntzer, der zum Führer und Ideologen der Reformation im Deutschland des 16. Jahrhunderts wird. 1523 kommt er mit seiner Frau Ottilie ins thüringische Allstedt, um eine Pfarrstelle zu übernehmen. Mutig tritt er für die Lehre Luthers ein, aber während dieser sich von den Volksmassen abwendet, wird Müntzer zu deren Sprecher. Er muß nach Süddeutschland fliehen, schließt sich dort den aufständischen Bauern an, aber es zieht ihn wieder nach Thüringen. In Mühlhausen stößt er zu Heinrich Pfeiffer, mit dem er die Stadt 1525 zum Zentrum der thüringischen Bauernerhebungen macht. Doch es kommt zum Konflikt mit den Bauern und Handwerkern, die nicht begreifen, daß ihre einzelnen Aktionen zu einer großen nationalen Erhebung zusammengeführt werden müssen, um erfolgreich zu sein. Müntzer geht nach Frankenhausen, wo sich ein führerloses Bauernheer versammelt hat. Der Verrat beginnt in den eigenen Reihen. Nach der Niederlage gegen das Fürstenheer wird Müntzer gefangengenommen und hingerichtet. Seinen Mitstreitern hinterläßt er die Aufforderung, sich nun mit den Brüdern aus Rhein und Main zu verbünden. Ganz Deutschland müsse ins Spiel kommen: "Die Bösewichter müssen dran."(Quelle: Das zweite Leben der Filmstadt Babelsberg. DEFA-Spielfilme 1946-1992, Berlin 1994)
Am 13.01.1957 wurde im Ausschussprotokoll vermerkt: "Der Film verherrlicht in geschichtlich anfechtbarer Weise den Bauernkrieg und ist in seiner Tendenz hetzerisch. Der Ausschuß war sich darüber einig, daß der Film, obwohl die angezogene Bestimmung des Strafgesetzbuches [§93] nicht anwendbar ist, in der Bundesrepublik nicht vorgeführt werden sollte."Im Protokoll vom 05.08.1965 wurde schließlich folgendes über den Film bemerkt:"Nach Auffassung des Ausschusses verstößt der Film in seinem Inhalt nicht gegen §5,1 des Überwachungsgesetzes."